Η σύγχρονη σημαία των Κομορών υιοθετήθηκε το 2003. Η προηγούμενη σημαία ήταν μια ημισέληνος σε φόντο πράσινο. Το νέο σχέδιο διατηρεί την ημισέληνο, ωστόσο την τοποθετεί σε ένα πράσινο τρίγωνο. Επιπλέον, προστέθηκαν τέσσερις λωρίδες , σύμβολα των ισάριθμων νησιών του κράτους κίτρινο για το Μοελί, λευκό για τη Μαγιότ (τη διεκδικούν οι Κομόρες όμως διοικείται από τη Γαλλία), κόκκινο για το Ανζουάν και μπλε για τη Μεγάλη Κομόρα.
Τα τέσσερα αστέρια που βρίσκονται κοντά στην ημισέληνο, συμβολίζουν επίσης τα τέσσερα νησιά. Η ημισέληνος αποτελεί σύμβολο του Ισλάμ, το οποίο είναι η κύρια θρησκεία στις Κομόρες.
Η σημαία καθιερώθηκε στις 7 Ιανουαρίου 2002.