Η σημαία του Σάο Τομέ και Πρίνσιπε καθιερώθηκε στις 5 Νοεμβρίου 1975.
Το κόκκινο τρίγωνο συμβολίζει το σκληρό αγώνα για την ανεξαρτησία, ενώ τα δύο μαύρα αστέρια εκπροσωπούν τα δύο κύρια νησιά του κράτους, τον Άγιο Θωμά (Σάο Τομέ) και τον Πρίγκιπα (Πρίνσιπε). Το πράσινο, το κίτρινο και το μαύρο είναι τα λεγόμενα Παναφρικανικά χρώματα.
